Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA

Occurrence Observation
Dernière version Publié par Biology Section, Uppsala University le avr. 3, 2025 Biology Section, Uppsala University
Date de publication:
3 avril 2025
Licence:
CC0 1.0

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Données sous forme de fichier DwC-A (zip) télécharger 316 enregistrements dans Anglais (122 KB) - Fréquence de mise à jour: non planifié
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Métadonnées sous forme de fichier RTF télécharger dans Anglais (11 KB)

Description

Project Overview

The project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).

Project Goals

  • Investigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)
  • Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.
  • Provide tools for species identification
  • Use DNA barcoding of the ITS region
  • Be cost-effective
  • Be methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequence
  • Disseminate knowledge about the method

Dataset Description

The dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 316 enregistrements.

2 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
316
dnaDerivedData 
316
ExtendedMeasurementOrFact 
316

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Fritzson P, Bråvander B (2025). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.1. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.1

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Biology Section, Uppsala University. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655.  Biology Section, Uppsala University publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Sweden.

Mots-clé

Occurrence; Observation

Contacts

Patrick Fritzson
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Uppsala Svampklubb
SE-743 40 Uppsala
SE
Björn Bråvander
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Uppsala Svampklubb
SE-756 43 Uppsala
SE
Anna Rosling
  • Personne De Contact
  • Associate Professor
Department of Ecology and Genetics, Uppsala University
  • Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
752 36 Uppsala
SE
  • +46184716444

Couverture géographique

Sweden

Enveloppe géographique Sud Ouest [57,843, 14,819], Nord Est [67,956, 23,25]

Couverture taxonomique

All fungi samples identified to genus or species

Kingdom Fungi
Phylum Ascomycota, Basidiomycota
Class Eurotiomycetes, Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes
Order Pezizales, Polyporales, Eurotiales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales
Family Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Hydnaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Elaphomycetaceae, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Schizoporaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2023-04-03 / 2024-02-01

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Fungal Diversity Survey Sweden

Les personnes impliquées dans le projet:

Patrick Fritzson
  • Créateur
Björn Bråvander
  • Créateur

Méthodes d'échantillonnage

The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1

Etendue de l'étude Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province.

Description des étapes de la méthode:

  1. Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV

Métadonnées additionnelles

Remerciements

Uppsala University/Evolutionary Biology Centre (EBC) Anna Rosling, Brendan Furneaux, Sara Mehrabi, Ioana Onut Brännström, David Manyara , Karl Soler Kinnerbäck

Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)/Artdatabanken Elisabet Ottosson

Umeå University/NBIS, Jeanette Tångrot
Identifiants alternatifs 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu