Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA

Occurrence Observation
最新バージョン Biology Section, Uppsala University により出版 4月 3, 2025 Biology Section, Uppsala University
公開日:
2025年4月3日
ライセンス:
CC0 1.0

DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード：

DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 316 レコード English で (122 KB) - 更新頻度: not planned
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RTF ファイルとしてのメタデータ ダウンロード English で (11 KB)

説明

Project Overview

The project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).

Project Goals

  • Investigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)
  • Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.
  • Provide tools for species identification
  • Use DNA barcoding of the ITS region
  • Be cost-effective
  • Be methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequence
  • Disseminate knowledge about the method

Dataset Description

The dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

データ レコード

この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、316 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは2 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

Occurrence (コア)
316
dnaDerivedData 
316
ExtendedMeasurementOrFact 
316

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Fritzson P, Bråvander B (2025). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.1. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.1

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Biology Section, Uppsala University。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655が割り当てられています。   GBIF Sweden によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているBiology Section, Uppsala University が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Observation

連絡先

Patrick Fritzson
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
Uppsala Svampklubb
SE-743 40 Uppsala
SE
Björn Bråvander
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
Uppsala Svampklubb
SE-756 43 Uppsala
SE
Anna Rosling
  • 連絡先
  • Associate Professor
Department of Ecology and Genetics, Uppsala University
  • Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
752 36 Uppsala
SE
  • +46184716444

地理的範囲

Sweden

座標（緯度経度） 南 西 [57.843, 14.819], 北 東 [67.956, 23.25]

生物分類学的範囲

All fungi samples identified to genus or species

Kingdom Fungi
Phylum Ascomycota, Basidiomycota
Class Eurotiomycetes, Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes
Order Pezizales, Polyporales, Eurotiales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales
Family Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Hydnaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Elaphomycetaceae, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Schizoporaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae

時間的範囲

開始日 / 終了日 2023-04-03 / 2024-02-01

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Fungal Diversity Survey Sweden

プロジェクトに携わる要員:

Patrick Fritzson
  • 最初のデータ採集者
Björn Bråvander
  • 最初のデータ採集者

収集方法

The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1

Study Extent Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province.

Method step description:

  1. Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV

追加のメタデータ

謝辞

Uppsala University/Evolutionary Biology Centre (EBC) Anna Rosling, Brendan Furneaux, Sara Mehrabi, Ioana Onut Brännström, David Manyara , Karl Soler Kinnerbäck

Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)/Artdatabanken Elisabet Ottosson

Umeå University/NBIS, Jeanette Tångrot
代替識別子 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu